Водный транспорт

управляется Главным управлением водного флота при государственно-акционерной корпорации «Узавтотранс», которая организует деятельность Термезского речного порта и подчиненных ему пристаней. Порт и пристани занимаются перевозками грузов, пассажиров и багажа по внутренним водным путям, обеспечивают сохранность и своевременность доставки перевозимых грузов; организуют техническое обслуживание речных судов.

B распоряжении некоторых министерств и ведомств, для выполнения специальных задач, могут быть речные суда. Например, в распоряжении Государственного Комитета по охране природы Республики Узбекистан имеются суда для осуществления контроля за соблюдением правил рыбной ловли в реках и озерах.